宝可梦箱是一种创造模式专属的功能性方块。

只有拥有管理员权限的玩家才可以编辑里面的内容，创造模式的玩家可以放置、破坏宝可梦箱但不能编辑里面的内容，生存模式或者冒险模式的玩家仅能使其正常运作。

宝可梦箱的运作方式类似于原版的刷怪笼，只不过他是用于生成野生宝可梦的，可以通过编辑内容的方式来改变其运作方式。

拥有管理员权限的创造模式玩家右键可以打开编辑页面的GUI，具体如下：

①：宝可梦箱已设置的刷新列表，数字代表的是刷新宝可梦的权重。左键点击可以把一项宝可梦移出列表。

②：可用于添加宝可梦加入刷新列表，输入宝可梦名字和稀有度之后点击新增按钮即可加入。
③：可以设置宝可梦刷新出来的判定方式，有Tick时间启动（随着[生成Tick]设置的时间自动刷新）和红石启动（通过外部输入红石信号来刷新）两种。

④：生成Tick：隔多长时间尝试生成一次；生成半径：刷新出来的宝可梦所在的范围（1-49）；最大生成数：每次尝试刷新时最多的生成数量；最小等级/最大等级：刷新出来的宝可梦的等级范围；Boss几率：刷新出来的宝可梦是Boss宝可梦的概率（1/x）。

⑤：刷新出来的宝可梦会显示出怎样的攻击性，有默认（另外三者随机）、胆小（尽力躲避玩家）、被动（随意走动）、主动（主动与玩家进行战斗）这四种模式。

⑥：刷新出来的宝可梦会在什么位置，有陆地、水中、地下、空中、空中悬浮这五种模式。

在结构幽魂塔里会刷新三个可以正常运作的宝可梦箱。