杂交指通过蜜蜂传粉以获取新的果树品种的过程。

杂交存在的原因是：本模组的众多果树中只有少数几种能在野外自然生成，其余的则都需要通过杂交获取。

蜜蜂可以穿过本模组的树叶，并像花一样在开花的树叶中采集相应花粉。此时蜜蜂的实体数据中便存储了这种花粉的种类，最多记录3个不重复的种类。此后蜜蜂采集新的花粉时便会将新的花粉和现有的进行随机匹配，若没有相应杂交配方则会直接替换实体数据中的花粉种类，若符合配方则会将蜜蜂所处的树叶或下方的方块替换为相应杂交结果的方块/花朵。

若要获得新果树品种的树苗，只得先大量杂交获得许多树叶后再破坏树叶获得树苗，在杂交时先有树叶再有树苗。

所有杂交配方如下：

这些设定较为真实，现实中柑橘属的一些果树品种也是这样杂交出来的。

杂交设定可以通过修改配置文件中的modules.hybridization一项来禁用，但这也会导致相应杂交品种无法获得。

杂交配方也可以通过数据包来修改或自定义（见此处“自定义杂交配方”一节）。

作者对杂交的详解可以见此处“果树杂交”一节。