生物反应器是一台 5 × 5 × 5 的多方块机器，其中能够进行复杂的生物反应，通常在电压等级达到 ZPM 级时需要搭建。它能够：

• 利用细菌生长培养基繁殖微生物，部分反应需要配合预备培养皿进行，同时回收枯竭的细菌生长培养基。

• 利用不同的微生物制备各类化合物，例如利用酿脓链球菌将葡萄糖转化成为山梨糖，利用大肠杆菌和糖生产琥珀酸以及配合壳聚糖生产氨基葡萄糖等；

• 生产各类生物制品，包括但不限于各类基因（如 MYC 基因）、Cas-9 蛋白质、快速增殖动物细胞等。这些原材料主要都用于生产干细胞；

生物反应器的搭建方法如下图所示。

• ① 生物反应器外壳。可以任意替换为输入仓、输出仓、输入总线、输出总线、能源仓和维护仓。一台生物反应器外壳至少需要 1 个能源仓和 1 个维护仓，缺少其它部分仍然可以成型，只是不能够正常输入（输出）物品（流体）。上述方块合计需要 61 个；

• ② 生物反应器（多方块机器核心方块）；

• ③ 铱锇合金强化玻璃。不可被替换成其它材质的强化玻璃，搭建 1 台合计需要 36 个；

• ④ 机械方块。图中绿色、红色、橙色和蓝色方块分别代表电动泵方块、力场发生器方块、发射器方块和传感器方块。它们之中的最小电压等级方块决定了生物反应器的最高可运行电压。