数码兽在生成时会有约八千分之一的概率发生突变，突变分为色彩突变，体型突变，着色突变等。

突变只会改变数码兽的外观和体重，对其他能力数值没有影响。

色彩突变分为棕色突变（Brown mutation）和极其稀有的彩虹突变（Rainbow mutation），在模组0.9.7g至1.0.2d版本中还有22种不同的色彩突变。

体型突变会使该数码兽的大小和正常的数码兽不同，共有6种不同大小的体型突变。

着色突变会使数码兽外表附有一层半透明的颜色。

着色突变与色彩突变的区别是：着色突变是通过当场渲染的方式呈现，所有数码兽都可以产生着色突变。而色彩突变是直接调用已经绘好的贴图，并不是所有数码兽都能产生该突变。

注意：不同种类的突变也有可能会同时出现。（包括色彩突变和着色突变）