放在地上将会显示殖民地的旗帜，可在市政厅“设置-编辑殖民地”选项卡中编辑。

在旗帜编辑界面时，上方的“内层”为旗帜底色，“1”“2”“3”“4”“5”“6”为按顺序排列的6个图层（最多6层）。和原版旗帜类似，可以通过不同图案的覆盖来组合出一些特殊图形。

若在从未编辑过殖民地旗帜的情况下放置旗帜，则其为为白色，此时编辑旗帜后需敲掉旗帜重新放置其才会更新图案。此后已放置的殖民地旗帜会在编辑后自动更新。

殖民地旗帜不止拥有装饰作用，在大学研究过后，殖民地旗帜可以用来将殖民地中的卫兵集结在一起。具体用法为放置殖民地旗帜，使用集结旗帜shift+右击殖民地旗帜。