哲人之书是等价交换3中最核心的部分。它将代替转换桌的一部分机能。这本书在第一次右键之后将会与玩家所绑定，之后再右键可以打开这本书来查阅“如何转换何种物质”。想要学习一种物质的转换方法，你需要把书放在研究站界面的右侧，把要学习转换的物质放在左侧，经过一段墨迹浮现的动画之后，你就习得了这种物质的交换方法。

想要进行物质的等价交换，你需要搭建一个多方块结构——转化桌。右键可以打开转化桌内部的GUI，将哲人之书放在转化桌右上的格子中就可以进行交换了。更详细的过程，请参阅多方块结构——转化桌。