深层锡矿石是Y轴为0及以下的锡矿石变种，于深板岩间代替锡矿石生成。深层锡矿石可使用石镐或更好的镐开采获得，正常情况下掉落1-3个不等的粗锡，可受时运影响；使用带有精准采集的镐挖掘会掉落其自身；否则不会掉落任何东西。