夜光石窟是一个洞穴生物群系，这里的地面部分由泥巴组成，部分由荧光苔藓方块组成，这两种地面上都会零星覆盖着荧光苔藓地毯。这里的植被主要是夜光菇和巨型夜光菇。这里的天花板上有时会垂下荧光蛛丝。