蜜蜂育种器是一种可以将女王蜂配种，并有概率产生新幼虫的设备，界面如下：

在1号区域内放入两只女王蜂，4号区域内放入蜂王浆，育种就会自动开始。

每个蜂王浆可使育种进行200秒，每次育种需要300秒。

育种基础成功率为10%，玩家可在2号区域及3号区域内放入各种植物或树苗来提高或降低育种的成功率，同一种催化物只能出现一次。催化物数量及摆放位置不会影响成功率增减的数值，催化物品不会被消耗且不是必需品。单种催化物影响成功率的范围为-10%~+30%。育种成功率最低为1%，最高为100%。育种成功率只和催化物的注册名称与元数据、女王蜂的种类与女王蜂摆放顺序有关。

成功育种时，将在中间的格子中产生幼虫，失败则无产出。无论育种是否成功，用于育种的女王蜂都会消失。

玩家可在NEI中搜索育种的女王蜂配方。若配方不存在，则育种成功时产生的幼虫后标与两只女王蜂其中一只相同。

女王蜂育种配方如下：

历史改动：

• 7.2.3版本：育种时间由600秒缩短至300秒，催化物成功率由-10%~+10%提高至-10%~+30%。
  

• 7.2.1版本：现在支援来自Harvestcraft模组与Forestry模组的蜂蜜与蜂王浆作为饲料。
  

• 6.3.8版本：若育种植物有重复的植物：蜜蜂育种器UI关闭时将会退还植物；蜜蜂育种器完成育种时，育种机率将设定为10%预设机率。

• 6.3.3版本：修正蜜蜂育种器以及其NEI不循环物品问题。
  

• 6.0.3版本：修正NEI蜜蜂育种配方。