控制器是一台TIS-3D计算机的核心，每台计算机有且仅能有一个控制器方块。多个控制器方块通过外壳方块或者直接相连会导致机器停止工作。

控制器需要外接外壳方块，模块被安装在外壳方块的面上才能工作。一台TIS-3D计算机结构可以包含最多16个外壳方块(1.18.2)，数值可以在配置文件修改。

向控制器方块提供红石信号以控制整个计算机的运行。无信号时计算机为关机状态，信号强度为1则计算机不运行，各部件保持当前状态。超过1的信号强度将使计算机运行，强度越强速度越快。