多功能工具拥有许多用途，包括：

1. 调整容器等方块的输入/输出模式
   

2. 将中子防护屏连接到防护屏管理器上

3. 调整电容的输入/输出模式

4. 调整量子计算机逻辑门的工作角度（设定时，先潜行右击逻辑门，再右击空气，多功能工具会将当前设定的角度发送至聊天；此时可以再次以至多次右击空气以调整至合适的工作角度，完成选择后右击逻辑门即可写入。工作角度精度可在配置文件中修改）

5. 调整量子计算机逻辑门对量子位的设定（控制位、目标位等等；设定时，先潜行右击逻辑门，再右击合适ID的量子位，完成选择后右击逻辑门即可写入，控制位与目标位原理皆如此。设定互换门的列表时，多功能工具会记录右击量子位的顺序，并以此生成列表，具体操作为先潜行右击互换门，再按合适的顺序依次右击量子位，完成选择后右击逻辑门即可写入，此时需重复此过程以写入交换的第二个列表；如果是受控互换门，在写入交换列表前还需写入控制位）

以及对上述部分信息的存储。对于后两项，如果想设定为空，则在潜行右击逻辑门后直接再次右击即可（工作角度不可如此）。