施肥机可以对区域内的植物产生类似使用骨粉的效果。施肥机可以对种植机能种植的所有植物施肥。施肥机需要化肥与电力才可工作。化肥可以用管道送入机器，也可以手动在界面里放置。施肥机默认不允许用骨粉，但可以在配置文件里改此设置。化肥可以使用MFR2自己的化肥（可以通过合成或将污水送入堆肥机获得），也可以使用IC2和林业的化肥。

施肥机与种植机放置方法相同（放在农田外边界中点的地上，带有不同纹理的那面贴向农田），也可以使用“半径升级”来增加施肥范围。

机器界面如下

左上角物品槽内放置化肥；像其他机器一样，在右下角物品槽内放半径升级。