墨囊收集器需放置在一个5X5X4的装置上方正中心，此装置的四周由实心方块（如原石、石头、硬化黏土、各种金属锭等）构建，墙壁则全部由玻璃构建。且此装置中心必须装满水，如图所示。

请确保装置中至少存在两只鱿鱼，否则机器将不会启动，当装置正确放置需右键激活机器。当机器启动时，墨囊收集器的外观将会变化为眼珠乱转的鱿鱼头，如图所示。

玩家可在鱼食一栏放入任何可食用的物品投喂鱿鱼，此时墨囊收集器将自动收集墨囊，若墨囊收集器中不存在鱼食，则会每分钟自动消耗一只装置内的鱿鱼，直至只剩一只鱿鱼并停止工作。

需注意的是，墨囊收集器可通过漏斗、管道等物品传输墨囊至其他储存载体内，但需要在墨囊收集器启动过一次后才可进行此项修改，否则墨囊收集器无法正确的收集墨囊。