基因过滤器是一个能过滤物品的管道状方块，右击打开它的内部GUI如图所示：

界面一共6行，每一行代表一个面上的过滤器，GUI内标记的颜色和外部对应的面相连的颜色标记一致。

每一行都有7个物品格与1个过滤格。第一格为物品的缓存区，进入过滤器的物品会先进入缓存区再进行分拣，然后被送去指定方向。第二个格子是过滤格，如图所示：

默认关闭，左键点击打开过滤格，可以选择过滤特定基因的蜂后、公主蜂、雄蜂、任意蜜蜂、树苗或蝴蝶。右键过滤格可关闭。

在未做任何标记时，分拣的优先级总是遵循黑色标记分配优先级最高，即使黑色标记面未连接任何容器，过滤器也会强制将物品从黑色面输出导致物品喷出，只有设置了过滤格的面才会拥有高于未设置面的优先级。

剩下6个格子为品种过滤格，分为3组，每组两格，底部标记为0和1，代表某个特定品种的基因。品种过滤格可按照活跃和非活跃性状进行过滤，其中0代表活跃性状（显性性状），1代表非活跃性状（隐性性状）。只有经过分析仪扫描分析出性状的蜜蜂、树苗或蝴蝶品种才能在品种过滤格内显示，如图所示：

品种过滤格中，没有设置的格子代表所有性状的蜜蜂、树苗或蝴蝶均可以通过，如果某个物品有多个方向可以通过，它会随机通过其中一个方向。

基因过滤器本身没有物品抽入功能，需要连接外部管道、漏斗或接口输入物品。